O logotipo do GEM foi criado com o nascimento do grupo. Nessa altura decidiu-se adotar a cor laranja como cor principal no simbolo de identidade do grupo, especialmente por esta ser a cor da espeleologia e ser uma cor bem visível e contrastante quando aplicada em atividades de montanha. Em 2014 o GEM renovou o seu logotipo, tornando-o mais moderno enquanto mantinha a sua identidade com a continuidade das suas cores base: o preto, o branco e o laranja GEM.

Tendo como objetivo a sua utilização tanto em suporte físico como em suporte digital, foram criadas 3 versões cromáticas do logotipo GEM, uma versão para fundo branco, outra versão para fundo preto, e outra para fundo laranja GEM.

O logotipo atual do GEM é definido pela construção tipográfica do nome, pelos elementos associados em cada letra, e pelo texto descritivo do significado da sigla GEM. No elemento G foi integrada a silhueta de um espeleólogo com capacete, sendo que a luz do frontal define a construção dessa letra. O elemento E esconde uma parede vertical em alusão tanto à escalada como à progressão vertical em algares. A forma do elemento M ajudou naturalmente na criação de formas alusivas a montanhas e picos, as quais associamos ao montanhismo e alpinismo.